微生物肥料和化学肥料是互补的关系。使用微生物肥料可以提高化肥的利用率，并且可以少用化肥。克服了土壤板结，漏水和漏肥缺点。在追求产出而不追求产品质量的情况下，生物有机肥一般不宜全部替代化肥，成本较高。

如果考虑到农田的持续发展，农产品使用的肥料应化肥，生物肥，有机肥混合使用。只使用化肥 既追求产量，又希望土壤继续丰收。只能在富含大量有机质的土壤中短期内有效。

微生物肥料的使用可以减少化肥的使用。化肥当季实际使用率只有30%到35%左右。其中大部分还没有被植物吸收。留在土壤中或冲入水中的化肥会污染环境。大宗农产品以生物有机肥为基肥，追肥时需要使用化肥。化肥和生物有机肥配合使用可以大大提高化肥的利用率，一般可以提高到70%左右。生物有机肥的使用还可以提高农产品的质量。